سرشت پویای دانشنامه ایران به عنوان نخستین دانشنامة عمومی مفصل به زبان فارسی، و نو بودن تجربة تدوین چنین دانشنامه‌ای در ایران سبب شده است که در جلد‌های دوم و سوم این دانشنامه تغییراتی نسبت به جلد نخست رخ دهد. در جلد سوم کوشش شده است که این تغییرها و بازنگری‌ها به سرانجام برسد و جلد‌های بعدی نیز بر همین پایه منتشر شود. با توجه به اینکه تلفظ همة مدخلها، با بهره‌گیری از الفبای آوانگاری لاتین، پس از هر مدخل آورده می‌شود، حرکت‌گذاری مدخلها به موارد ضروری کاهش یافته است. در مدخل نامهای اشخاص، عموماً نام خانوادگی شخص مدخل اصلی قرار گرفته و با حروف سیاه درشت آمده است. یکی از مهم‌ترین تغییرهای انجام یافته در جلد سوم دانشنامه ایران بازنگری در سامانة آوانگاری است.