مجموعه نیم قرن پرونده هسته‌ای ایران با توجه به سیر رویدادها و حوادث در سه مجلد تدوین شده است جلد نخست به بررسی بازه‌ی زمانی 1975 تا 1997 (چهار دهه‌ی آغازین برنامه‌های هسته‌ای ایران از دوران شاه مخلوع تا پیروزی انقلاب و از پیروزی انقلاب تا پایان دوران ریاست جمهوری حجت‌الاسلامی هاشمی رفسنجانی) پرداخته و در جلد دوم فاصله زمانی (1997 تا 2005 یا دوران ریاست جمهوری حجه‌الاسلام خاتمی) مورد بررسی قرار گرفته است. جلد سوم نیز در این میان تحولات پرونده‌ی هسته‌ای کشور را در دوران ریاست جمهوری دکتر احمدی‌نژاد (از 2005 تا کنون) مورد بررسی قرار داده است.