مبنای تفکیک واژه‌های قرآنی (مدخلها) در این فرهنگنامه کتاب المعجم الاحصایی لالفاظ القرآن الکریم، تألیف دکتر محمود روحانی بوده است. حتی فیشهایی را هم که در دورة اوّل فرهنگنامه (سال 1349 تا 1352) به روشی دیگر فراهم آورده بود با دقت بر مدخل‌های معجم مذکور منطیق شده است. این کتاب تا امروز کاملترین و دقیق‌ترین معجمهای الفبایی قرآن است. بطور کلّی عمده‌ترین هدف از تهیّه و تنظیم این فرهنگنامه گردآوری و دسته‌بندی معانی پارسی و واژه‌ها و ترکیباتی بوده است که قرآن‌های خطّی و کهن کتابخانه آستان قدس رضوی از گذشته‌های دور در سینة خویش محفوظ نگه داشته و تا امروز از دسترس پژوهندگان علوم قرآنی و مشتاقان زبان و ادب فارسی و فرهنگ‌نویسان و فرهنگ‌های موجود به دور بوده است.